Enfin, le dernier SIV d’intérêt découvert par les chercheurs de l’IRD a été SIVgor, le virus du
gorille, un grand singe particulièrement présent au Cameroun. Il vient en quelque sorte
compléter le tableau puisque ses caractères génétiques le placent en proche parent du
VIH-1 groupe O. Mais il reste encore une part de mystère à creuser pour comprendre si
c’est cet animal qui est à l’origine du virus humain ou bien s’il a été contaminé par un
chimpanzé également responsable de la contamination humaine.
Fig. 56 Arbre phylogénétique des virus simiens et humains
Les études phylogénétiques
La phylogénie est l’étude de la formation et
de l’évolution des organismes vivants en
vue d’établir leur parenté. Le mode de
représentation d’une phylogénie est appelé
arbre phylogénétique. Cette
représentation est particulièrement connue
grâce à la généalogie familiale et aux arbres
généalogiques à ceci près que les
représentations sous forme de magnifiques
planches illustrées représentant un grand
chêne portant les noms de tous les
ascendants d’une famille ne donne qu’une
indication simple de l’organisation de la
phylogénie familiale, celle des liens de
parenté. Dans les arbres à usage
scientifique, tout a son importance : la
proximité des branches représente le degré
de parenté entre les membres appelés
taxons, leur longueur exprime l’importance
de la différence génétique qui sépare un noeud d’un nouveau taxon, le nœud figurant un ancêtre
commun à deux nouvelles branches. Lorsque l’on connaît la vitesse d’évolution du génome des
organismes étudiés, comme c’est le cas pour le VIH (voir une cible fortement mutante p.128) cette
différence génétique peut être interprétée comme une mesure de temps et permet aussi de savoir
combien de temps ou de générations séparent deux taxons.
Ci-contre, à titre d’illustration un arbre phylogénétique des principaux virus de singes apparentés
aux virus humains VIH-1 tel que les chercheurs intéressés par cette évolution l’ont construit à partir
des données recueillies chez les singes vivant dans la nature.
Bien entendu, le travail le plus difficile est d’établir un tel arbre à partir des données recueillies. Bien
que des outils mathématiques très performants ont été mis au point pour ce travail, il reste toujours
une bonne part d’interprétation manuelle des résultats, notamment pour lever des incertitudes qui
font de ces analyses un travail extrêmement minutieux.
Mais le résultat est gratifiant. Il a permis de comprendre l’essentiel de l’histoire des VIH et
notamment de dater la transmission inter espèces, du singe à l’homme.
Voilà résumé de manière extrêmement simplifiée les éléments qui permettent de comprendre ces
arbres phylogénétiques pour lesquels, par ailleurs, il existe de multiples modes de représentation.
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