illumina NeoPrep Manuel utilisateur

Guide du système de préparation
de librairies NeoPrepMC
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
EXCLUSIF À ILLUMINA
Réf. SE-601-9001DOC
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Octobre 2015
Personnaliser un petit guide de flux de travail de bout
en bout à l’aide du sélecteur de protocole personnalisé
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement
destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne
peuvent servir à aucune autre fin. Ce document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin et ne seront
communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède
aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de ses droits d'auteur ou de ses droits traditionnels ni des
droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et
adéquatement formé de façon à assurer l’utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu
intégral de ce document doit être lu et compris avant l'utilisation de ce ou ces produits.
LE MANQUEMENT À LIRE COMPLÈTEMENT ET À SUIVRE EXPLICITEMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS
CONTENUES DANS LES PRÉSENTES POURRA CAUSER DES DOMMAGES AU(X) PRODUIT(S), DES BLESSURES AUX
PERSONNES, UTILISATEURS OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.
ILLUMINA N’ASSUME AUCUNE RESPONSABILITÉ DÉCOULANT DE L’UTILISATION ABUSIVE DU OU DES
PRODUITS DÉCRITS AUX PRÉSENTES (EN CE COMPRIS LES PIÈCES OU LES LOGICIELS).
© 2015 Illumina, Inc. Tous droits réservés.
Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio,
Epicentre, ForenSeq, Genetic Energy, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect,
MiSeq, MiSeqDx, MiSeq FGx, NeoPrep, NextBio, Nextera, NextSeq, Powered by Illumina, SureMDAr, TruGenome,
TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception
des bases en flux continu sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d’autres
pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce appartiennent à leur propriétaire respectif.
ii
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Historique des révisions
Document
Support nº 20000941
Document nº 15049720
v01 FRA
Référence 15049720
Rév. C
Date
Octobre 2015
Juin 2015
Description des modifications
Mise à jour des descriptions du logiciel pour le Logiciel de
commande NeoPrep v1.1.0 :
• Ajout du nombre d’analyses de cartes de test à l’écran About
(À propos de).
• Ajout de la possibilité d’enregistrer l’accord de licence de
l’écran About (À propos de).
• Réorganisation de l’écran System Configuration
(Configuration du système) afin de séparer les configurations
réseau et BaseSpace.
• Possibilité de connecter l’instrument à BaseSpace Onsite.
• Remplacement du terme « test » par le terme « protocole ».
• Remplacement du terme « module » par le terme
« processus » pour désigner les éléments d’une analyse.
• Ajout d’un filtre par type de protocole lors de la sélection
d’une analyse BaseSpace.
• Possibilité d’indiquer la version du protocole par défaut dans
Change version (Modifier la version).
• Par défaut, l’écran Confirm (Confirmer) offre désormais la
possibilité de sélectionner l’ensemble d’index par défaut pour
chaque ligne d’échantillons.
• Seuls les consommables requis pour un protocole s’affichent à
l’écran Track (Suivi).
• Au minimum, le suivi des numéros de série des flacons d’huile
et des plaques de réactifs est requis.
• Remplacement du numéro de suivi de pièce par le numéro de
référence.
• Modification de l’ordre de chargement des cartes de librairies,
de manière à charger les échantillons en premier.
• Un bouton a été renommé Home (Accueil) à la fin du
processus de déchargement des librairies.
• Ajout de l’écran Instrument Level (Niveau de l’instrument).
• Les journaux d’accès comprennent les vérifications du
système.
• Mise à jour des instructions de vérification du système et ajout
de la possibilité de recommencer un test.
Modification de la référence à l’écran principal. Nouvelle
référence : Accueil.
Restructuration du contenu des guides.
Retrait des illustrations sur les écrans logiciels.
Ajout d’une section de maintenance préventive.
Ajout d’instructions de nettoyage des cartes de test.
Ajout des pipettes requises dans Consommables.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
iii
Document
Date
Description des modifications
Référence 15049720,
rév. B
Avril 2015
Ajout de nouvelles spécifications sur les pointes de pipette et de
renseignements d’étalonnage dans les sections suivantes :
• Nouvelles exigences relatives aux pointes de pipette
• Conseils et techniques
• Charger la carte de librairies
Modification de la référence ressource Basespace. Nouvelle
référence : centre d’aide.
Référence nº 15049720,
rév. A
Mars 2015
Publication originale.
iv
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Table des matières
Historique des révisions
Table des matières
Chapitre 1 Vue d’ensemble
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des trousses de préparation de librairies
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrage de l’instrument
Personnaliser les paramètres du système
Consommables fournis par l’utilisateur
Chapitre 3 Réalisation d’une analyse
Introduction
Conseils et techniques
Flux de travail de préparation de librairies
Démarrer la configuration de l’analyse
Configurer l’analyse
Charger la carte de librairies
Démarrer l’analyse
Décharger les librairies
Chapitre 4 Maintenance
Introduction
Nettoyage
Décontamination
Mises à jour logicielles
Arrêter ou redémarrer l’instrument
Annexe A Dépannage
Introduction
Accéder aux fichiers journaux
Vérification du système
Mettre l’instrument de niveau
Configurer les paramètres du système
Résoudre les erreurs
Arrêter une analyse
Assistance technique
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
iii
v
1
2
5
6
10
13
14
15
18
21
22
23
26
27
29
33
36
37
39
40
41
43
44
46
47
48
49
50
52
53
56
57
59
v
vi
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Chapitre 1 Vue d’ensemble
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des trousses de préparation de librairies
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
2
5
6
10
1
Chapitre 1
Vue d’ensemble
Vue d’ensemble
Introduction
Le système de préparation de librairies NeoPrepMC d’IlluminaMD permet une préparation de
librairies basée sur l’utilisation de la technologie microfluidique numérique pour la
manipulation de liquide. Le système, qui dispose d’une interface utilisateur simple, est prêt
à fonctionner dès le chargement terminé : la durée de manipulation est réduite, et les
résultats sont de haute qualité et reproductibles.
Fonctionnalités
}
}
}
}
}
}
}
}
2
Manipulation initiale limitée des échantillons : les échantillons sont préparés avant
d’être chargés sur le NeoPrep.
Intégration de BaseSpaceMD : le flux de travail de préparation de librairies est intégré à
BaseSpace, l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina pour
l’analyse des données, leur stockage et leur partage. Dans le cas des instruments
configurés pour BaseSpace, les renseignements sur les librairies et les paramètres
d’analyse doivent être précisés dans l’onglet Prep (Préparation) dans BaseSpace avant
la configuration de l’analyse sur l’instrument. Les analyses configurées dans BaseSpace
s’affichent dans l’interface de l’instrument pendant la configuration de l’analyse. Au
cours de l’analyse, les fichiers de sortie sont transférés en temps réel dans BaseSpace
ou BaseSpace Onsite.
Préparation de librairies simplifiée : les librairies préparées sont hautement
reproductibles et prêtes pour le séquençage avec une durée de manipulation minimale.
Réactifs spécifiques aux tests : des réactifs spécifiques aux tests sont fournis dans une
plaque de réactifs scellée.
Mise en fonctionnement dès le chargement terminé : une interface utilisateur
graphique vous guide tout au long de la configuration de l’analyse afin de vous aider à
sélectionner un protocole, à charger des échantillons et des réactifs sur la carte de
librairies, et à effectuer une vérification avant de commencer une analyse.
Carte de librairies avec microfluidique numérique : la technologie microfluidique
numérique permet de manipuler avec précision les gouttelettes pour effectuer toutes les
procédures de préparation de librairies dans l’environnement étroitement surveillé de
la carte de librairies NeoPrep.
Préparation, quantification et normalisation des librairies : les librairies sont
préparées, quantifiées et normalisées au cours d’une même analyse, sans intervention
de l’utilisateur.
Conception destinée à des procédures supplémentaires de groupement, de
dénaturation et de dilution : les librairies sont conçues pour être préparées en vue de la
génération d’amplifiats sur n’importe quel instrument Illumina.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
La technologie microfluidique numérique se trouve au cœur du fonctionnement du
NeoPrep. Un réseau d’électrodes modélisées sur une carte de circuit imprimé contrôle les
gouttelettes aqueuses dans une chambre remplie d’huile. Le système modifie les tensions
appliquées aux électrodes pour distribuer, transporter, mélanger et incuber les gouttelettes
sur la carte de librairies. Le logiciel commande toutes les étapes des protocoles
microfluidiques complexes.
Figure 1 Carte de librairies : vue latérale en coupe
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
3
Introduction
Microfluidique numérique
Vue d’ensemble
Flux de travail de préparation de librairies
Figure 2 Séquençage et flux de travail de préparation de librairies NeoPrep
4
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Les documents suivants sont disponibles en téléchargement sur le site Web d’Illumina.
Ressource
Description
Guide de préparation du site du
système NeoPrep (document
nº 15050812)
Fournit les spécifications relatives à l’espace du laboratoire et à
l’alimentation, des considérations d’ordre environnemental,
ainsi que les instructions d’installation du système.
Guide de sécurité et de conformité
du système NeoPrep (document
nº 15050811)
Fournit des renseignements concernant l’étiquetage de
l’instrument, les certifications de conformité et les questions de
sécurité.
Guides de préparation de librairies
NeoPrep
Fournissent les instructions de préparation de librairies à l’aide
du NeoPrep. Consultez la page d’aide contenant la
documentation correspondant à la trousse de préparation de
librairies que vous utilisez.
Guide d’Illumina Experiment
Manager (document nº 15031335)
et Carte de référence rapide IEM
NeoPrep (document nº 15061111)
Fournissent des renseignements sur la création et la
modification des feuilles d’échantillons appropriées pour les
systèmes de séquençage et les logiciels d’analyse d’Illumina, et
consignent les paramètres de votre plaque d’échantillon.
Aide de BaseSpace
(help.basespace.illumina.com)
Fournit des renseignements concernant BaseSpace, un outil
d’analyse de données de séquençage vous permettant
également de gérer l’ensemble des échantillons, librairies,
groupements et analyses de séquençage au sein d’un
environnement unique.
Consultez la page d’aide NeoPrep dans le site Web d’Illumina pour accéder à la
documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux
questions.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
5
Ressources supplémentaires
Ressources supplémentaires
Vue d’ensemble
Composants de l’instrument
Le NeoPrep comprend un écran tactile, une barre d’état et un compartiment pour la carte
de librairies.
A
B
C
D
6
Barre d’état : indique l’état de l’instrument – en cours de traitement (bleu), en cours de
traitement avec des avertissements (bleu clignotant), intervention requise (orange
clignotant), réalisation des étapes préalables à l’analyse (vert clignotant) et prêt à démarrer
l’analyse ou analyse terminée (vert).
Écran de surveillance tactile : permet la configuration sur lʼinstrument ainsi que la
configuration à lʼaide de lʼinterface logicielle.
Module de préparation de librairies intégré : contient les composants thermiques,
électriques, magnétiques et optiques internes.
Compartiment de la carte de librairies : contient la platine de la carte de librairies qui
maintient la carte de librairies durant l’analyse. Les moteurs de la platine de la carte de
librairies déplacent la platine dans le module de préparation de librairies intégré lorsque
l’analyse démarre, et replace la platine dans le compartiment lorsque l’analyse est terminée.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le compartiment de la carte de librairies contient la carte de librairies pour le chargement
et le déchargement.
Figure 3 Compartiment de la carte de librairies
A
B
C
D
E
F
Platine de la carte de librairies : contient une carte de librairies.
Porte du compartiment de la carte de librairies : ouverte lors du chargement et du
déchargement d’une carte de librairies. Fermée pendant le fonctionnement.
Lumière du compartiment de la carte de librairies : éclaire la platine de la carte de librairies
lorsque la porte est ouverte.
Carte de librairies : consommable à usage unique où les échantillons et les réactifs sont
stockés, et où les librairies sont collectées.
Mécanisme de verrouillage de la carte de librairies : permet de déverrouiller les verrous
de la carte de librairies pour son chargement sur la platine et son déchargement de la platine.
Verrous de la carte de librairies : maintient la carte de librairies en place sur la platine.
Logiciel du NeoPrep
Le Logiciel de commande NeoPrep dispose d’une interface à écran tactile qui fournit des
instructions étape par étape pour charger l’huile, les échantillons, les réactifs et les
adaptateurs sur la carte de librairies avant le début de l’analyse. Pendant l’analyse, le
système logiciel de commande gère la préparation, la quantification et la normalisation des
librairies. L’état de l’analyse apparaît à l’écran à mesure que l'analyse progresse.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
7
Composants de l’instrument
Compartiment de la carte de librairies
Vue d’ensemble
Icônes d’état
Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de l’écran d’interface du logiciel de
commande signale tout changement de situation au cours de la configuration de l’analyse
ou au cours de l’analyse.
Icône
d’état
Nom de l’état
Description
OK
Le système est normal.
Traitement
Le système est en cours de traitement.
Avertissement Un avertissement a eu lieu.
Les avertissements n’interrompent pas une analyse.
Erreur
BaseSpace
Une erreur a eu lieu.
Les erreurs nécessitent une intervention avant la poursuite de
l’analyse.
L’instrument est connecté à BaseSpace.
Lorsqu’un changement de situation se produit, l’icône clignote afin de vous alerter.
Sélectionnez l’icône pour afficher une description de la situation.
} Sélectionnez un des éléments répertoriés pour consulter une description détaillée de la
situation et des instructions pour y remédier, le cas échéant.
} Sélectionnez Acknowledge (Accuser réception) pour accepter le message et Close
(Fermer) pour fermer la boîte de dialogue.
Pour filtrer les types de messages à afficher dans la fenêtre d’état, sélectionnez les icônes
dans la marge supérieure de la fenêtre. En sélectionnant une icône, vous activez ou
désactivez son affichage.
8
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le bouton d’alimentation situé sur la partie avant du NeoPrep met sous tension
l’instrument. Il réalise les actions suivantes en fonction de l’état de l’alimentation de
l’instrument.
État de l’alimentation
Action
Instrument hors tension
Appuyez brièvement sur le bouton pour mettre l’instrument sous
tension.
Instrument sous tension
Appuyez brièvement sur le bouton pour mettre l’instrument hors
tension. Une boîte de dialogue s’affiche à l’écran pour confirmer
que l’instrument s’est arrêté normalement.
Instrument sous tension
Appuyez sur le bouton d’alimentation et maintenez-le enfoncé
pendant 10 secondes pour provoquer un arrêt forcé de
l’instrument.
Utilisez cette méthode pour mettre l’instrument hors tension
uniquement si l’instrument ne répond pas.
REMARQUE
Mettre l’instrument hors tension au cours d’une analyse arrête immédiatement celle-ci. Seul
le fait de débrancher le cordon secteur coupe l’alimentation en courant alternatif (CA) de
l’instrument. L’arrêt d’une analyse est définitif. Les consommables de l’analyse ne peuvent
pas être réutilisés et les échantillons sont perdus.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
9
Composants de l’instrument
Bouton d’alimentation
Vue d’ensemble
Présentation des trousses de préparation de librairies
Pour effectuer une analyse sur le Système de préparation de librairies NeoPrep, une trousse
de préparation de librairies pour NeoPrep est requise. Illumina offre plusieurs options
compatibles. Chaque trousse est propre à un test et comprend les consommables suivants
pour une seule analyse :
} Plaque des réactifs et guide
} Tubes de réactifs
} Flacon d’huile et verseur
} Carte de librairies
} Guide de la carte de librairies
} Barrettes de tubes de séparation de librairies
Pour obtenir plus de renseignements sur le contenu d’une trousse de préparation de
librairies, consultez le guide de préparation de librairies de cette trousse.
Aperçu des cartes de librairies
Les trousses de préparation de librairies NeoPrep incluent une carte de librairies jetable à
usage unique conçue pour faciliter la préparation de librairies sur le NeoPrep selon des
principes de microfluidique numérique sans manipulation. La carte de librairies sert de
récipient pour l’ensemble du flux de travail de préparation de librairies sans intervention
manuelle, notamment pour les étapes facultatives de quantification et de normalisation.
Conception
Chaque carte de librairies est composée d’une plaque supérieure en plastique munie de
ports pour le chargement de l’huile, des échantillons, des réactifs et des adaptateurs.
Les cartes de librairies prêtes à l’emploi sont composées d’une couche d’huile située entre
deux substrats sur lesquels des électrodes isolées sont modélisées. En modifiant les
tensions relatives des électrodes modélisées, des gouttelettes aqueuses contenant les
échantillons et les réactifs peuvent être manipulées pour réaliser des protocoles complexes.
Les gouttelettes sont distribuées à partir des ports de chargement et transportées à divers
emplacements de la carte de librairies, où elles sont mélangées et incubées à l’aide d’une
commande logicielle. Les réactifs sont contenus dans des gouttelettes distinctes d’huile,
isolant ainsi les réactions de l’environnement du laboratoire et de la contamination lors du
transport.
Utilisation
On procède au déballage de la carte de librairies, puis on l’insère dans la platine de carte et
on lui ajoute l’huile, les échantillons, les réactifs et les adaptateurs. Les cartes de librairies
sont des consommables à usage unique. Si une analyse est annulée avant son achèvement,
la carte de librairies ne pourra pas être réutilisée.
Manipulation
Pour garantir des performances de protocole appropriées, la procédure de chargement de la
carte de librairies doit être strictement respectée. Consultez le Chapitre 3 Réalisation d’une
analyse, ainsi que le guide correspondant au test pour connaître les procédures de
chargement et de configuration des cartes de librairies. Prenez soin de ne pas plier ou
déformer la carte de librairies en ouvrant l’emballage.
10
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Une carte de librairies est fournie dans chaque trousse de préparation de librairies NeoPrep.
Chaque carte de librairies comprend les éléments suivants.
Figure 4 Composants de la carte de librairies
Coin avec encoches : sert de référence pour orienter la carte de librairies.
Biseau : sert à aligner la carte de librairies et la platine de la carte de librairies.
Puits d’échantillon : des échantillons d’entrée sont injectés à l’aide d’une pipette dans les
puits d’échantillon.
D Puits d’adaptateur : des adaptateurs sont injectés à l’aide d’une pipette dans les puits
d’adaptateur.
E Puits de collecte de librairie : les librairies préparées sont extraites des puits de collecte de
librairie.
F Puits de réactif : les réactifs sont transférés à partir de la plaque des réactifs dans les puits de
réactif.
G Puits d’huile : une couche d’huile est ajoutée à la carte de librairies.
A
B
C
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
11
Présentation des trousses de préparation de librairies
Composants de la carte de librairies
12
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrage de l’instrument
Personnaliser les paramètres du système
Consommables fournis par l’utilisateur
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
14
15
18
13
Chapitre 2
Premiers pas
Premiers pas
Démarrage de l’instrument
REMARQUE
L’interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument est mis en position Marche lors
de l’installation de l’instrument. À moins que vous n’envisagiez de débrancher l’instrument, il
n’est pas nécessaire d’éteindre l’interrupteur d’alimentation.
1
Mettez l’interrupteur principal sur la position I (Marche).
Figure 5 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument
2
Patientez quelques instants, puis appuyez brièvement sur le bouton d’alimentation
situé dans le coin avant gauche de l’instrument. Le bouton d’alimentation active
l’alimentation de l’instrument et démarre l’ordinateur et les logiciels intégrés à
l’instrument.
Figure 6 Bouton d’alimentation situé à l’avant de l’instrument
3
Attendez le chargement complet du système d’exploitation.
Le Logiciel de commande NeoPrep démarre et lance automatiquement le système.
À la fin de l’étape d’initialisation, l’écran d’accueil s’ouvre.
4
Si votre système a été configuré pour demander des identifiants, connectez-vous en
utilisant le nom d’utilisateur et le mot de passe par défaut :
} Nom d’utilisateur : sbsuser
} Mot de passe : sbs123
Autrement, connectez-vous en utilisant les identifiants de votre établissement.
REMARQUE
Laissez l’instrument sous tension en permanence. Si l’instrument doit être éteint, suivez la
procédure d’arrêt décrite dans la section Arrêter ou redémarrer l’instrument à la page 46. Après
avoir arrêté l’instrument, attendez toujours au moins 60 secondes avant de le rallumer.
14
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le logiciel de commande comporte des paramètres système personnalisables pour les
options de démarrage, les préférences d’entrée, les paramètres audio et le nom de
l’instrument.
Sélectionner les options d’affichage et de reconnaissance et les options
audio
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2
Pour attribuer l’image de votre choix à votre instrument, sélectionnez Upload Image
(Charger une image) et naviguez vers l’image. L’image apparaît en haut de l’interface
du logiciel.
3
Saisissez le nom d’instrument de votre choix dans le champ Nick Name (Surnom). Le
nom apparaît en haut de l’interface du logiciel.
4
Choisissez parmi les options de démarrage suivantes :
} Sélectionnez Kiosk Mode (mode Kiosque) pour afficher l’interface du logiciel de
commande en plein écran.
} Sélectionnez Windowed Mode (mode Windows) pour accéder à Windows sur
l’ordinateur de l’instrument. Toute interaction avec l’interface du logiciel, comme par
exemple l’emplacement des boutons, risque d’être altérée dans ce mode.
REMARQUE
Vous pouvez également utiliser la commande Exit to Windows (Quitter vers
Windows) parmi les options d’arrêt pour accéder temporairement à Windows. La
commande Exit to Windows (Quitter vers Windows) ferme le logiciel de
commande.
5
Cochez la case Play audio (Lire les sons) pour activer les indicateurs audio pour les
événements suivants.
} Lors de l’initialisation de l’instrument
} Au démarrage d’une analyse
} Lors de certaines erreurs
} Lorsqu’une interaction avec l’utilisateur est nécessaire
} À la fin d’une analyse
6
Faites glisser le curseur Volume Control (Contrôle du volume) vers la droite pour
augmenter le volume sonore ou vers la gauche pour le réduire.
7
Sélectionnez Next (Suivant) pour enregistrer les paramètres et passer à l’écran suivant.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
15
Personnaliser les paramètres du système
Personnaliser les paramètres du système
Premiers pas
Définir des exigences d’entrée, de suivi et de guide de chargement
16
1
Cochez la case Use on-screen keyboard (Utiliser le clavier à l’écran) afin d'utiliser le
clavier à l’écran pour saisir des renseignements à communiquer à l’instrument.
} Si la case est cochée et qu’un clavier est connecté à un port USB externe, vous
pourrez alors utiliser à la fois le clavier à l’écran et le clavier externe.
} Décochez la case pour désactiver le clavier à l’écran et utiliser uniquement un
clavier connecté à un port USB externe.
2
Au minimum, le suivi des numéros de série des flacons d’huile et des plaques de
réactifs est requis pour chaque analyse. Cochez la case Track all consumables
(Effectuer un suivi de tous les consommables) pour exiger les renseignements de suivi
ci-dessous pour tous les consommables fournis par Illumina employés dans une
analyse.
} Numéro de référence
} Numéro de série
} Numéro de lot
} Date de péremption
En fonction du protocole, il peut être nécessaire d’effectuer un suivi du numéro de série
des autres consommables. Consultez la section Suivre les consommables à la page 31.
3
Cochez la case Require loading guide (Exiger le guide de chargement) pour exiger
l’utilisation des instructions contenues dans le guide de chargement du logiciel de
commande lors du chargement de la carte de librairies.
Décochez cette case pour avoir la possibilité d’ignorer les instructions du guide de
chargement pendant le chargement de la carte de librairies.
4
Cochez la case Require pre-verification (Demander la vérification préalable) pour
exiger une vérification réussie de la carte de librairies avant de charger l’huile, les
échantillons, les réactifs et les adaptateurs. Si la carte de librairies ne peut être vérifiée
avec succès, alors l’analyse ne peut pas démarrer.
} Le système procède toujours à une vérification automatique de la carte de librairies
lorsque vous sélectionnez Start Run (Démarrer l’analyse).
} Décochez cette case pour désactiver l’obligation de vérifier la carte de librairies avant
le chargement des consommables et des échantillons. L’étape de vérification peut
être ignorée, mais si la vérification de la carte de librairies échoue une fois que vous
avez sélectionné Start Run (Démarrer l’analyse), les consommables chargés ne
pourront pas être réutilisés et les échantillons seront perdus.
5
Sélectionnez Next (Suivant) pour enregistrer les paramètres et passer à l’écran suivant.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
1
Sélectionnez le fuseau horaire local dans la liste déroulante Local Time Zone.
2
Sélectionnez l’année en cours dans la liste déroulante Year.
3
Sélectionnez le mois en cours dans la liste déroulante Month.
4
Sélectionnez la date du jour dans la liste déroulante Day.
5
Réglez l’heure, les minutes et le moment de la journée (AM [matin] ou PM [aprèsmidi]) à l’aide des flèches vers le haut et vers le bas.
6
Cochez la case Use 24-hour time (Utiliser le format 24 heures) pour afficher l’heure au
format 24 heures. Décochez cette case pour afficher l’heure au format 12 heures.
7
Cochez la case Update time (Mettre l’heure et la date à jour) pour effectuer une
synchronisation avec le serveur.
8
Sélectionnez Finish (Terminer).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
17
Personnaliser les paramètres du système
Définir la date et l’heure du système
Premiers pas
Consommables fournis par l’utilisateur
Les consommables suivants sont requis pour l’utilisation du NeoPrep. Pour plus de
renseignements, consultez le Guide de préparation du site du système NeoPrep (document
nº 15050812). Utilisez les pipettes et les pointes requises. L’utilisation de pipettes et de
pointes différentes peut entraîner une mauvaise distribution des réactifs et un échec de
l’analyse.
Consultez le guide de préparation de librairies de la trousse que vous utilisez pour
connaître les exigences supplémentaires concernant les consommables et les équipements
fournis par l’utilisateur.
Pipettes et pointes
Volume
Utilisation
Nom du produit
Fournisseur
20 µl
≤ 20 µl
Pipet-Lite XLS+ 8-canal LTS,
de 2 µl à 20 µl
Rainin,
n° de référence L8-20XLS+
L’un des produits suivants :
• Pointes LTS 20 µl.
Préstérilisées. Filtre
• Pointes de pipette avec
filtre protecteur ART,
20 µl; SoftFit-L 20 µl
200 µl
21-200 µl
Pipet-Lite XLS+ 8-canal LTS,
de 20 µl à 200 µl
L’un des produits suivants :
• Pointes LTS 200 µl.
Préstérilisées. Filtre
• Pointes de pipette avec
filtre protecteur ART,
200 µl; SoftFit-L 200 µl
• Rainin,
nº de référence RT-L10F
• Fisher Scientific,
nº de référence 2749RI
Rainin,
n° de référence L8-200XLS+
• Rainin,
nº de référence RT-L200F
• Fisher Scientific,
nº de référence 2769RI
Consommables
18
Élément
Fournisseur
Lingettes imbibées d’alcool isopropylique
à 70 % or
d’éthanol à 70 %
VWR, nº de référence 15648-981 ou
équivalent
Fournisseur de laboratoire général
Eau désionisée ou distillée
Fournisseur de laboratoire général
Gants jetables sans talc
Fournisseur de laboratoire général
Chiffons sans poussière
VWR, nº de référence 52846-001 ou
équivalent
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Fournisseur
Essuie-tout ou chiffon en coton
non pelucheux
Fournisseur de laboratoire général
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
Consommables fournis par l’utilisateur
Élément
19
20
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Chapitre 3 Réalisation d’une analyse
Introduction
Conseils et techniques
Flux de travail de préparation de librairies
Démarrer la configuration de l’analyse
Configurer l’analyse
Charger la carte de librairies
Démarrer l’analyse
Décharger les librairies
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
22
23
26
27
29
33
36
37
21
Chapitre 3
Réalisation d’une analyse
Réalisation d’une analyse
Introduction
Avant de commencer une analyse sur le NeoPrep, les échantillons doivent être préparés
pour le chargement. Pour préparer vos échantillons, consultez le guide de préparation de
librairies correspondant à la trousse que vous utilisez.
Pour effectuer une analyse sur le système NeoPrep, suivez les invites du logiciel de
commande pour configurer l’analyse et charger la carte de librairies. Après le lancement de
l’analyse, aucune intervention supplémentaire de l’utilisateur n’est requise jusqu’à ce que
l’analyse soit terminée. Surveillez la progression et les statistiques de l’analyse à partir de
l’interface du logiciel de commande.
22
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Scellage d'une plaque
}
}
}
Scellez toujours la plaque à 96 puits avant la centrifugation.
Appliquez le scellant adhésif de manière à recouvrir la plaque et scellez à l’aide d’un
rouleau en caoutchouc.
Les scellants adhésifs Microseal « B » sont efficaces à des températures de -40 °C à
110 °C et conviennent à des plaques PCR à jupe ou à demi jupe.
Manipulation de la carte de librairies
}
}
}
Pour éviter d’endommager l’instrument, évitez de placer le guide de la carte de
librairies sur la carte de librairies durant la vérification de la carte ou durant une
analyse.
Utilisez le verrou de la carte de librairies pour charger la carte sur la platine de la carte
de librairies et l’en retirer.
} N’enclenchez pas la carte de librairies.
} L’huile et les réactifs contenus dans une carte de librairies usagée peuvent gicler de
la carte et se déverser sur l’instrument.
Maintenez droite la carte de librairies usagée lorsque vous la retirez de l’instrument
afin d’éviter d’en renverser le contenu.
Directives de chargement d’une carte de librairies
}
}
}
}
}
}
}
}
}
}
Chargez la carte de librairies pendant qu’elle se trouve sur la platine de la carte de
librairies afin d’éviter d’en renverser ou d’en déranger le contenu.
Ce guide fournit une vue d’ensemble du processus de chargement et peut être utilisé
comme une référence. Lorsque vous mettez la carte de librairies en place, utilisez le
guide de chargement du logiciel de commande au moment de charger l’analyse pour
obtenir des instructions détaillées et des rappels à chaque étape.
N’ouvrez pas la porte du compartiment lors de la vérification de la carte de librairies
ou durant l’analyse.
Changez de gants après le chargement de l’huile.
Transférez le contenu de la plaque de réactifs dans les puits correspondants sur la carte
de librairies. Reportez-vous aux couleurs et étiquettes de puits correspondantes situées
sur la plaque de réactifs et les guides de cartes de librairies.
Assurez-vous que les pipettes sont étalonnées avant de commencer. Les pipettes non
étalonnées peuvent provoquer des variations dans la taille des inserts, une mauvaise
distribution des réactifs et un échec de l’analyse.
Utilisez les pointes de pipette spécifiées dans la section Pipettes et pointes à la page 18 et
dans le guide de préparation de librairies de la trousse que vous utilisez. Les autres
pipettes et les autres pointes ne sont pas prises en charge et peuvent entraîner une
mauvaise distribution des réactifs et un échec de l’analyse.
Utilisez une pipette multicanaux pour charger les échantillons, les réactifs et les
adaptateurs.
Tous les puits de réactifs ne servent pas nécessairement à chaque protocole.
Pour éviter d’endommager l’instrument, assurez-vous que le guide de carte de
librairies a été retiré de la carte de librairies avant de commencer l’analyse.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
23
Conseils et techniques
Conseils et techniques
Réalisation d’une analyse
Techniques de chargement d’une carte de librairies
}
}
}
}
}
}
}
Utilisez les techniques appropriées pour charger la carte de librairies en respectant les
angles de chargement indiqués.
Pipettez jusqu’au premier point d’arrêt pour éviter de créer des bulles.
Insérez les pointes des pipettes perpendiculairement au puits.
Placez les pointes des pipettes au fond des puits pendant la distribution. Ne soulevez
pas les pointes avant que les réactifs soient complètement distribués.
Effectuez la distribution de biais, en dirigeant les pointes des pipettes sous l’étiquette
du puits et le contour pointillé du puits sur le guide de la carte de librairies.
L’angle de chargement de la pipette dépend de l’élément en cours de distribution.
L'angle est défini à chaque étape du guide de chargement du logiciel de commande et
est illustré dans le guide de préparation de librairies.
Une icône représente l’angle de chargement et le volume est indiqué dans le guide de
chargement du logiciel de commande. Par exemple,
Icône
Description
Dirigez la pointe de la pipette vers l’étiquette du puits et le contour pointillé sur la
gauche.
Dirigez la pointe de la pipette perpendiculairement au puits.
Dirigez la pointe de la pipette vers l’étiquette du puits et le contour pointillé sur la
droite.
}
Augmentez l’angle de la pipette si le liquide ne s’écoule pas des extrémités de la
pipette.
Manipulation des échantillons
}
}
}
}
}
24
Effectuez toujours un suivi de l’emplacement de chaque échantillon.
Changez les pointes entre chaque échantillon pour éviter la contamination croisée.
Ne centrifugez pas les échantillons avant le chargement.
Un espace peut être présent dans les pointes de pipette pendant le transfert de la
plaque d’échantillons vers la carte de librairies.
Pour les protocoles offrant deux options de taille d’insert d’échantillon, les deux tailles
d’insert peuvent être utilisées dans une même analyse.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
}
}
}
}
}
}
}
}
Déchargez la carte de librairies tandis qu’elle se trouve sur la platine de la carte de
librairies.
Le logiciel de commande vous guide tout au long du processus de déchargement des
librairies.
Utilisez une pipette multicanaux de 200 µl dont les pointes sont dotées d’un filtre
protecteur.
N’utilisez pas de pipettes de 20 µl. Celles-ci ne s’insèrent pas correctement dans les
puits des cartes de librairies.
Insérez les pointes de pipette perpendiculairement et enfoncez-les jusqu’au fond des
puits de collecte.
Maintenez la carte de librairies d’une main tout en retirant les pointes des puits de
collecte, afin d’empêcher tout mouvement de la carte.
Une icône représente l’angle de la pipette à respecter et le volume est indiqué dans le
guide de déchargement du logiciel de commande. Par exemple,
Inspectez chaque pointe de pipette pour vérifier la présence d’une gouttelette de
librairie bleue comme indiqué par le logiciel de commande.
Figure 7 Gouttelette de librairie dans les pointes des pipettes
}
}
Si aucune gouttelette bleue de librairie n’est visible dans les pointes de pipette prévues,
procédez comme suit :
} Transférez le liquide extrait vers le puits de la plaque correspondant contenant du
RSB.
} Ne redistribuez pas le liquide dans la carte de librairies, car cela peut introduire des
vides d’air et interférer avec l’extraction de la librairie.
} Utilisez une pipette à canal unique pour répéter le transfert une fois pour les puits
qui ne contiennent pas la gouttelette bleue. Ne tentez pas d’effectuer le transfert plus
de deux fois.
Pipettez vigoureusement de haut en bas dans le RSB pour retirer la gouttelette de
librairie bleue de l’extrémité de la pipette.
Manipulation des barrettes de tubes de séparation de librairies
}
}
}
Étiquetez les tubes pour simplifier le suivi des échantillons.
Utilisez les puits d’une plaque ou d’un autre dispositif pour maintenir les barrettes de
tubes de séparation de librairies en position verticale.
Ne centrifugez pas les barrettes de tubes de séparation de librairies.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
25
Conseils et techniques
Recueil des librairies
Réalisation d’une analyse
Flux de travail de préparation de librairies
Sélectionnez Prepare Libraries (Préparer les librairies) dans le logiciel de commande.
Configurez votre préparation à l’aide du logiciel de commande ou à partir d’une
analyse BaseSpace que vous sélectionnez.
Placez la carte de librairies dans l’instrument.
Chargez l’huile, les échantillons et les réactifs dans la carte de librairies.
Sélectionnez Start Run (Démarrer l’analyse) pour démarrer la préparation des
librairies.
Extrayez les librairies de la carte de librairies et séparez-les de l’huile.
Retirez la carte de librairies de l’instrument.
26
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
1
Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Prepare Libraries (Préparer des librairies).
Les étapes à suivre pour commencer la configuration de l’analyse diffèrent en fonction
de la configuration de l’instrument. Pour plus de renseignements, reportez-vous à la
section Configurer les paramètres du système à la page 53.
} BaseSpace ou BaseSpace Onsite : les écrans de configuration d’analyse répertorient
les analyses qui ont été configurées depuis l’onglet Prep (Préparation) dans
BaseSpace.
} Standalone (Autonome) : les écrans de configuration d’analyse comportent des
champs permettant de définir les paramètres de l’analyse.
Les écrans de préparation des librairies comportent les commandes suivantes :
} Back (Retour) : permet de revenir à l’écran précédent.
} Exit (Quitter) : permet de revenir à l’écran Prepare Libraries (Préparer des librairies)
sans enregistrer les modifications.
} Next (Suivant) : permet d’enregistrer les modifications et de passer à l’écran suivant.
Se connecter à BaseSpace (Configuration de BaseSpace)
REMARQUE
Si le système a été configuré pour utiliser des identifiants par défaut et ignorer l’écran de
connexion à BaseSpace, alors l’écran BaseSpace ne s’affiche pas. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section Définir une configuration BaseSpace à la page 54.
1
Saisissez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe BaseSpace.
2
Sélectionnez Next (Suivant).
Sélectionner une analyse (configuration BaseSpace)
1
Sélectionnez l’icône
pour trier les noms d’analyse répertoriés dans la liste par ordre
alphabétique, dans l’ordre croissant ou décroissant.
2
Sélectionnez l’icône
pour trier les analyses par date d’enregistrement, en affichant
les analyses les plus récentes en haut de la liste.
3
Sélectionnez Protocol Type (Type de protocole) pour trier la liste par type de protocole,
par ordre alphabétique, dans l’ordre croissant.
4
Sélectionnez Filter (Filtrer) pour n’afficher qu’un protocole en particulier.
5
Sélectionnez une analyse dans la liste d’analyses ayant été configurées dans BaseSpace.
6
Sélectionnez Next (Suivant).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
27
Démarrer la configuration de l’analyse
Démarrer la configuration de l’analyse
Réalisation d’une analyse
Spécifier des paramètres d’analyse (configuration autonome)
28
1
Sélectionnez le protocole à exécuter en utilisant les méthodes suivantes :
} Sélectionnez Select by barcode (Sélectionner par code à barres) pour que le protocole
soit automatiquement reconnu à l’aide des méthodes suivantes. Pour chaque
méthode, le numéro de série apparaît sur l’écran Track (Suivi). Consultez la section
Suivre les consommables à la page 31.
} Utilisez le lecteur de codes à barres pour effectuer un balayage du code à barres
situé sur la plaque des réactifs. Un signal sonore indique que le lecteur a bien lu
le code à barres de la plaque des réactifs. Le numéro de série de la plaque des
réactifs s’affiche à l’écran.
} Entrez le numéro de série de la plaque des réactifs dans le champ Scan reagent
plate barcode (Balayer le code à barres de la plaque des réactifs).
} Sélectionnez Select by name (Sélectionner par nom) pour sélectionner le protocole à
partir d’une liste.
} Les options de protocole s’affichent.
} Sélectionnez le protocole souhaité dans la liste.
} Si la liste est plus longue et ne peut être affichée sur un seul écran, vous pouvez
la parcourir à l’aide de la barre de défilement située sur l’écran.
2
Sélectionnez Next (Suivant).
3
[Facultatif] Pour exécuter une version différente du protocole, sélectionnez Change
Version (Modifier la version).
} Sélectionnez la version à exécuter.
} Sélectionnez une version différente à exécuter par défaut. Lors de la configuration
initiale, la valeur par défaut correspond à la dernière version.
4
Sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Vous devez configurer et confirmer votre analyse sur l’instrument et effectuer un suivi des
consommables pour que la préparation des librairies puisse commencer. Les options
contenues dans la configuration des analyses varient en fonction de la configuration du
système et des paramètres de personnalisation. Consultez les paramètres par défaut et
modifiez-les au besoin.
Configurer l’analyse
REMARQUE
• Les options de configuration et les paramètres dépendent du protocole. Concernant les
options et les valeurs par défaut du protocole sélectionné, consultez le guide de
préparation de librairies correspondant à la trousse que vous utilisez.
• Seul le paramètre PCR Cycles (Cycles de PCR) est modifiable lorsque le système
fonctionne en mode BaseSpace.
1
[Facultatif] Sélectionnez Load Settings (Charger les paramètres) pour charger une
configuration d’analyse créée et enregistrée sur l’instrument, puis sélectionnez Load
(Charger).
} Alphabet (Ordre alphabétique) : permet de trier la liste par ordre alphabétique dans
l’ordre croissant ou décroissant.
} Recently Added (Ajouté récemment) : permet de trier la liste par date
d’enregistrement des paramètres, en affichant les plus récents en haut de la liste.
2
Par défaut, tous les processus sont sélectionnés pour l’analyse. Désélectionnez les
processus facultatifs si vous le souhaitez.
} Prep Library (Préparer une librairie) : permet de préparer des librairies et doit être
sélectionné.
} [Facultatif] Quantify (Quantifier) : permet de quantifier les échantillons au cours de
l’analyse, une fois la préparation des librairies terminée.
} [Facultatif] Normalize (Normaliser) : permet de normaliser les librairies finales au
cours de l’analyse, une fois la quantification terminée. Cette option ne peut être
sélectionnée que si l’option Quantify (Quantifier) est également sélectionnée.
3
[Facultatif] Sélectionnez Save Settings (Enregistrer les paramètres) pour enregistrer la
configuration de l’analyse.
} Entrez un nom de fichier dans le champ File Name (Nom du fichier).
} Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer la configuration. Vous pouvez
également sélectionner Back (Précédent) pour revenir à l’écran de configuration sans
enregistrer la configuration de l’analyse.
} Si les paramètres d’une configuration chargée sont modifiés, la configuration doit
être enregistrée sous un nouveau nom.
4
Révisez et modifiez les paramètres par défaut si nécessaire. Sélectionnez Default
(Valeur par défaut) en regard d’un paramètre pour le réinitialiser à sa valeur par
défaut.
} Sample Count (Nombre d’échantillons) : indique le nombre d’échantillons contenu
dans l’analyse.
} PCR Cycles (Cycles de PCR) : désigne le nombre de cycles de PCR. Seule la valeur
par défaut du paramètre est prise en charge.
} Insert Size (Taille d’insert) : indique la taille de l’insert de l’échantillon. Le cas
échéant, une option de taille d’insert doit être sélectionnée pour chaque échantillon.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
29
Configurer l’analyse
Configurer l’analyse
Réalisation d’une analyse
Si l’option Mixed (Mélangé) est sélectionnée, la taille de l’insert pour chaque
échantillon doit être spécifiée au moment de la confirmation des paramètres de
l’analyse. Pour plus de renseignements, reportez-vous à la section Confirmer l’analyse
à la page 30.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Confirmer l’analyse
REMARQUE
Lorsque le système fonctionne en mode BaseSpace, les paramètres de confirmation de
l’analyse ne peuvent pas être modifiés.
30
1
Confirmez les renseignements sur l’analyse :
} Run Name (Nom de l’analyse) : dénomination de l’analyse.
} Operator (Opérateur) : personne dirigeant l’analyse.
} Project (Projet) : projet pour lequel l’analyse est effectuée.
} Secondary Output Folder (Dossier de sortie secondaire) : emplacement facultatif où
une copie des fichiers de l’analyse est enregistrée, en plus de l’emplacement
d’enregistrement local standard de l’instrument. Ce dossier est spécifié à la section
Définir une configuration BaseSpace à la page 54.
} Notes (Remarques) : remarques concernant l’analyse.
2
[Facultatif] Dans l’onglet Run Info (Renseignements sur l’analyse), sélectionnez Edit
(Modifier) pour modifier les champs, puis sélectionnez Save Changes (Enregistrer les
modifications). Les remarques contenues dans une configuration d’analyse provenant
de BaseSpace ne sont pas modifiables.
3
Confirmez les renseignements sur l’échantillon :
} Well (Puits) : emplacement de l’échantillon sur la carte de librairies.
} Pool (Groupement) : groupement dans lequel se trouvera l’échantillon à la fin de
l’analyse.
} Sample Name (Nom de l’échantillon) : nom de l’échantillon.
} Index : index (nom et séquence d’adaptateur) à ajouter à l’échantillon.
} Insert Size (Taille d’insert) : indique la taille de l’insert de l’échantillon. Si l’option
Mixed Insert Size (Taille d’insert mixte) a été sélectionnée dans les paramètres de
l’analyse, alors la taille d’insert de l’échantillon s’affiche et l’étape 5 est obligatoire.
Cette option n’est ni disponible ni obligatoire pour certains protocoles.
4
[Facultatif] Sélectionnez Import Sample Sheet (Importer la feuille d’échantillons) pour
naviguer vers une feuille d’échantillons enregistrée. Utilisez le logiciel Illumina
Experiment Manager (IEM) pour créer une feuille d’échantillons appropriée ou l’onglet
Prep (Préparation) dans BaseSpace pour organiser les échantillons et la préparation des
librairies. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section Ressources
supplémentaires à la page 5.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
[Facultatif] Dans l’onglet Sample Info (Renseignements sur l’échantillon), sélectionnez
Edit (Modifier) pour modifier les renseignements sur l’échantillon.
} Modifiez le champ Sample Name (Nom de l’échantillon).
} Modifiez le champ Index :
} Sélectionnez l’index.
} Sélectionnez l’index approprié dans la liste qui s’affiche.
} Sélectionnez Select (Sélectionner).
} Modifiez l’ensemble d’index par défaut utilisé pour chaque ligne d’échantillons.
} Sélectionnez Default (Par défaut).
} Sélectionnez la colonne d’index par défaut (A–H, I–P ou Q–X) pour les
échantillons 1 à 8 ou 9 à 16.
} Sélectionnez Select (Sélectionner).
} Lors d’une préparation de librairies impliquant deux tailles d’inserts d’échantillon
différentes, spécifiez la taille de l’insert pour chaque échantillon :
} Sélectionnez Edit (Modifier) dans la colonne Insert Size (Taille d’insert). Un
numéro de taille d’insert apparaît.
} Sélectionnez le numéro de taille d’insert pour basculer entre les options de taille
d’insert.
} Cliquez sur Save Changes (Enregistrer les modifications).
6
Sélectionnez Next (Suivant).
Suivre les consommables
Effectuez un suivi des consommables de la trousse de préparation de librairies qui sont
utilisés pour l’analyse.
} Pour connaître les consommables propres à la trousse de préparation de librairies que
vous utilisez, consultez le guide de préparation de librairies correspondant.
} Le suivi du numéro de série des flacons d’huile et des plaques de réactifs est requis.
} En fonction du protocole, il peut être nécessaire d’effectuer le suivi d’autres
consommables.
L’entrée des renseignements de suivi de tous les consommables est facultative et peut être
désactivée, sauf si la configuration du NeoPrep prévoit de l’exiger. Consultez le paragraphe
Effectuer un suivi de tous les consommables de la section Personnaliser les paramètres du système à
la page 15.
} Dans ce cas, la configuration de l’analyse ne peut pas continuer avant que tous les
renseignements ne soient numérisés ou entrés manuellement.
} Si cela n’est pas requis, seuls les consommables exigeant un suivi s’affichent dans
l’onglet Required (Requis). La numérisation ou l’entrée manuelle des renseignements
est facultative pour les consommables autres que ceux exigés.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
31
Configurer l’analyse
5
Réalisation d’une analyse
Effectuer un suivi de consommables
32
1
Pour renseigner les champs concernant les consommables dans chaque onglet,
sélectionnez l’onglet.
Si tous les consommables ne sont pas requis, l’onglet Required (Requis) affiche
uniquement les consommables nécessitant un suivi, et seul leur numéro de série est
requis.
2
Effectuez l’une des opérations suivantes :
} Utilisez le lecteur de codes à barres du NeoPrep pour numériser le code à barres du
numéro de série du consommable. Un signal sonore indique que le lecteur a bien lu
le code à barres. Le numéro de série du consommable apparaît sur l’écran.
} Saisissez manuellement le numéro de série.
Si tous les consommables ne sont pas requis, l’onglet Required (Requis) affiche
uniquement les consommables nécessitant un suivi, et seul leur numéro de série est
requis.
3
Saisissez manuellement le numéro de référence du consommable, le numéro de lot ou
la date de péremption.
4
Répétez les étapes 1 à 3 pour chaque onglet.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le guide de chargement du logiciel de commande fournit des instructions étape par étape
pour charger l’huile, les échantillons, les réactifs et les adaptateurs sur la carte de librairies
en vue du protocole sélectionné. Ces instructions figurent également dans le guide de
préparation de librairies correspondant au protocole choisi.
Utilisez les flèches pour naviguer dans le guide de chargement :
Icône
Description
Afficher l’écran suivant.
Afficher l’écran précédent.
Masquer les instructions détaillées de chargement pour chaque étape.
Afficher les instructions détaillées de chargement pour chaque étape.
Procédure
1
Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.
2
Suivez les instructions à l’écran pour rassembler les consommables propres au
protocole sélectionné. Pour obtenir plus de renseignements sur les consommables
propres au test, consultez le guide de préparation de librairies correspondant.
AVERTISSEMENT
Utilisez les pointes de pipette qu’indique le guide de préparation de librairies. Les autres
pointes de pipettes ne sont pas prises en charge et peuvent entraîner une mauvaise
distribution des réactifs et un échec de l’analyse.
3
Agitez la plaque des réactifs pendant trois secondes.
4
Centrifugez à 600 × g pendant cinq secondes.
Si vous n’utilisez pas immédiatement la plaque des réactifs, réservez-la dans la glace.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
33
Charger la carte de librairies
Charger la carte de librairies
Réalisation d’une analyse
5
Suivez les instructions à l’écran pour vérifier la carte de librairies.
AVERTISSEMENT
Pour éviter d’endommager l’instrument, assurez-vous que le guide de carte de librairies
ne se trouve pas sur la carte de librairies.
Figure 8 Carte de librairies sur la platine de carte de librairies
a
b
c
d
Ouvrez la porte du compartiment de la carte de librairies.
Faites glisser le verrou de la carte de librairies vers la droite, puis charger la carte
de librairies sur la platine. Assurez-vous que les biseaux et les coins avec encoches
de la carte de librairies sont sur la gauche.
Actionnez le verrou de la carte de librairies de sorte que les loquets maintiennent la
carte de librairies sur la platine.
Fermez la porte du compartiment de la carte de librairies, puis sélectionnez Verify
Library Card (Vérifier la carte de librairies). N’ouvrez pas la porte du
compartiment lors de la vérification de la carte de librairies.
REMARQUE
Les utilisateurs expérimentés peuvent ignorer les instructions de chargement. Sélectionnez
Skip Guide (Ignorer le guide) après la vérification de la carte de librairies. Si vous ignorez les
instructions de chargement, passez à la section Démarrer l’analyse à la page 36.
Selon la configuration du système, les instructions du guide de chargement peuvent être
obligatoires. Consultez le paragraphe Require Loading Guide (Exiger le Guide de chargement) de
la section Personnaliser les paramètres du système à la page 15.
6
Placez le guide de carte de librairies sur la carte de librairies.
Figure 9 Le guide de carte de librairies sur la carte de librairies
34
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Suivez les instructions à l’écran pour charger l’huile, les réactifs, les échantillons et les
adaptateurs sur la carte de librairies.
AVERTISSEMENT
La plaque des réactifs contient des matières dangereuses. Des risques de lésions
corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact
avec les yeux. Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection,
des gants et une blouse de laboratoire. Traitez la plaque des réactifs usagée comme un
déchet chimique. Mettez au rebut les contenants et tout contenu inutilisé conformément
aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre région. Pour plus de
renseignements, consultez la fiche technique de la trousse que vous utilisez sur
support.illumina.com/sds.html.
Figure 10 Disposition pour le transfert d’une plaque de réactifs vers une carte de librairies
A
B
C
D
E
F
G
8
Plaque des réactifs
Carte de librairies
Huile
Réactifs, grande quantité
Réactifs, petite quantité
Échantillons
Adaptateurs
Retirez le guide de carte de librairies. Conservez-le pour une utilisation ultérieure au
cours du processus de déchargement.
AVERTISSEMENT
Pour éviter d’endommager l’instrument, assurez-vous que le guide de carte de librairies
a été retiré de la carte de librairies.
9
Fermez la porte du compartiment de la carte de librairies.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
35
Charger la carte de librairies
7
Réalisation d’une analyse
Démarrer l’analyse
1
Sélectionnez Start Run (Démarrer l’analyse) pour commencer l’analyse. N’ouvrez pas
la porte du compartiment de la carte de librairies avant la fin de l’analyse.
Pendant que l’instrument est en marche, la procédure en cours est affichée avec l’heure
de fin estimée de l’analyse. Des renseignements sur l’analyse et l’échantillon sont
également consultables :
} Run Data (Données d’analyse) : fournit le nom, l’index ainsi que les résultats de
quantification et de normalisation pour chaque échantillon.
} Run Details (Détails de l’analyse) : fournit des renseignements sur l’analyse,
notamment le protocole, l’opérateur, l’identifiant de l’analyse, l’identifiant de carte de
librairies, les processus et les paramètres d’analyse.
REMARQUE
Sélectionnez Stop (Arrêter) pour arrêter une analyse. Une boîte de dialogue apparaît
pour la confirmation de l’arrêt. L’arrêt d’une analyse est définitif. Une analyse arrêtée
ne peut pas être reprise. Les réactifs et échantillons chargés dans la carte de librairies ne
sont pas récupérables.
2
Lorsque l’analyse est terminée, sélectionnez Next (Suivant) et commencez le processus
de Décharger les librairies.
REMARQUE
Les librairies peuvent rester à température ambiante sur une carte de librairies pendant un
maximum de trois jours après une analyse.
36
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le guide de déchargement du logiciel de commande fournit des instructions étape par
étape pour recueillir les librairies à partir de la carte de librairies, séparer les librairies de
l’huile et décharger la carte de librairies de l’instrument. Ces instructions figurent
également dans le guide de préparation de librairies correspondant au protocole choisi.
Utilisez les flèches pour naviguer dans le guide de déchargement :
Icône
Description
Afficher l’écran suivant.
Afficher l’écran précédent.
Masquer les instructions détaillées de chargement pour chaque étape.
Afficher les instructions détaillées de chargement pour chaque étape.
Assurez-vous de disposer de tous les consommables nécessaires avant de continuer.
} RSB (Tampon de resuspension)
} Barrettes de tubes de séparation de librairies (2)
} Plaques PCR à 96 puits de 0,3 ml (2)
} Scellants adhésifs Microseal « B » (2)
AVERTISSEMENT
La carte de librairies usagée contient des matières dangereuses. Des risques de lésions
corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les
yeux. Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et
une blouse de laboratoire. Traitez la plaque des réactifs usagée comme un déchet chimique.
Mettez au rebut les contenants et tout contenu inutilisé conformément aux normes de
sécurité gouvernementales en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements,
consultez la fiche technique de la trousse que vous utilisez sur support.illumina.com/sds.html.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
37
Décharger les librairies
Décharger les librairies
Réalisation d’une analyse
Procédure
1
Retirez le RSB du lieu de stockage entre 2 °C et 8 °C et ramenez-le à la température
ambiante.
2
Étiquetez les puits de deux nouvelles plaques PCR à 96 puits de 0,3 ml de 1 à 16.
3
Étiquetez chaque tube d’une barrette de tubes de séparation de librairies de 1 à 8, et
chaque tube d’une autre barrette de séparation de librairies de 9 à 16.
4
Versez10 µl de RSB dans chaque puits d’une plaque PCR.
5
Ouvrez la porte du compartiment de la carte de librairies et placez le guide de carte de
librairies sur la carte de librairies.
6
Utilisez une pipette de 200 µl pour transférer 20 µl des puits 1L à 8L, puis 9L à 16L
aux puits 1 à 16 correspondants de la plaque contenant le RSB. Pipettez pour mélanger.
Figure 11 Puits de collecte de la carte de librairies
A
B
Puits de collecte 1L à 8L
Puits de collecte 9L à 16L
7
Centrifugez brièvement.
8
Transférez le volume entier des puits 1 à 8 puis 9 à 16 de la plaque au renfoncement
du centre de la membrane des tubes de séparation de librairies correspondants 1 à 16.
9
Laissez les tubes de séparation de librairies reposer pendant 10 secondes tandis que
l’huile est absorbée dans les tubes.
10 Transférez le volume entier des tubes de séparation de librairies 1 à 8 puis 9 à 16 aux
puits 1 à 16 correspondants d’une nouvelle plaque PCR.
11 Retirez de la platine de la carte de librairies la carte et son guide.
12 Jetez la carte de librairies conformément aux normes en vigueur.
13 Fermez la porte du compartiment de la carte de librairies, puis sélectionnez Home
(Accueil).
14 Consultez le guide de préparation de librairies du protocole que vous exécutez afin de
connaître les instructions à suivre après le recueil d’une librairie à partir d’une carte de
librairies et sa séparation de l’huile.
38
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Chapitre 4 Maintenance
Introduction
Nettoyage
Décontamination
Mises à jour logicielles
Arrêter ou redémarrer l’instrument
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
40
41
43
44
46
39
Chapitre 4
Maintenance
Maintenance
Introduction
Les critères de maintenance sont remplis si les procédures de fonctionnement normal sont
respectées.
Maintenance préventive
Illumina vous recommande de planifier une intervention de maintenance préventive et un
étalonnage par an ou de manière plus fréquente si vous exécutez de multiples analyses
quotidiennement. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, veuillez communiquer
avec le gestionnaire de compte de votre région ou avec l’assistance technique d’Illumina
pour organiser une intervention de maintenance préventive facturable.
40
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Nettoyage
Nettoyage
Nettoyez l’instrument et la carte de test si nécessaire.
Nettoyage de l’instrument
Assurez-vous que l’instrument est hors tension et débranché pendant le nettoyage.
Nettoyez la surface de la platine de la carte de librairies en utilisant de l’isopropanol et des
lingettes de laboratoire.
Nettoyage d’un déversement d’huile
AVERTISSEMENT
Dans de rares cas, il peut se produire une fuite ou un déversement d’huile sur la platine de la
carte de librairies qui risque d’atteindre l’instrument. Si cela se produit, communiquez avec
l’assistance technique d’Illumina pour obtenir des instructions supplémentaires. Cessez
d’utiliser l’instrument.
En cas de déversement d’une infime quantité d’huile sur une surface visible, nettoyez la
surface en utilisant de l’alcool isopropylique à 70 %. En fonction de la quantité d’huile,
répétez cette procédure autant que nécessaire. Le matériel suivant est nécessaire :
} Alcool isopropylique à 70 %
} Chiffons sans poussière
Procédure
1
Mouillez un chiffon avec de l’alcool isopropylique à 70 %. Évitez de le détremper.
2
Essuyez les surfaces de l’instrument qui sont recouvertes d’huile jusqu’à ce que toute
l’huile soit absorbée.
Nettoyer la carte de test NeoPrep
Nettoyez la carte de test NeoPrep si un test échoue, puis recommencez le test. Nettoyez
également la carte de test si elle est sale ou a été laissée hors de son étui.
Le matériel suivant est nécessaire :
} Lingettes imbibées d’alcool
} Chiffons sans poussière
Procédure
1
Utilisez une lingette imbibée d’alcool pour nettoyer les deux surfaces surélevées sur le
haut de la carte de test NeoPrep.
2
Éliminez tous les débris, de sorte que les bords de la carte de test soient propres.
3
Séchez en tamponnant doucement avec un chiffon sans poussière.
4
Utilisez une lingette imbibée d’alcool pour nettoyer le ruban fluorescent sur le haut de
la carte de test.
5
Séchez en tamponnant doucement avec un chiffon sans poussière. Veillez à ne pas
laisser dʼempreintes, de marques, de peluches ni de fibres textiles sur le ruban.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
41
Maintenance
6
42
Utilisez une lingette imbibée d’alcool pour nettoyer le dessous de la carte de test.
Assurez-vous de nettoyer les carrés dorés, car ils sont en contact avec les composants
électriques du NeoPrep.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Décontaminez l’instrument dans les situations suivantes :
} en cas de déversement de matière présentant un risque biologique;
} si vous retournez l’instrument à Illumina.
Assurez-vous d’être familiarisé avec la configuration et le fonctionnement de base de
l’instrument avant de lancer le processus de décontamination.
} Utilisez de l’alcool isopropylique à 70 % pour la décontamination d’agents infectieux et
de sang.
} Portez toujours des gants de protection et des lunettes de sécurité lorsque vous
manipulez des instruments contaminés ou effectuez une procédure de
décontamination.
} Un écran facial est recommandé chaque fois qu’il existe un risque de contamination
par aérosol.
Le matériel suivant est nécessaire :
} Alcool isopropylique à 70 %
} Eau désionisée ou distillée
} Lunettes de sécurité
} Gants
} Blouse de laboratoire
} Essuie-tout ou chiffons en coton non pelucheux
Procédure
1
Mettez l’instrument hors tension et débranchez-le de la source d’alimentation.
N’immergez jamais l’instrument dans du liquide.
2
Mouillez un essuie-tout ou un chiffon avec de l’alcool isopropylique à 70 %. L’essuietout ou le chiffon ne doivent pas être détrempés.
3
Essuyez toutes les surfaces exposées de l’instrument.
4
Ouvrez la porte du compartiment de la carte de librairies et essuyez toutes les surfaces
intérieures à l’aide d’un chiffon imbibé d’alcool isopropylique à 70 %.
5
Attendez 20 minutes. Laissez l’alcool isopropylique sécher lentement. Ne l’essuyez pas
pour qu’il sèche.
6
Mouillez un essuie-tout ou un chiffon avec de l’eau désionisée ou distillée et essuyez
toutes les surfaces ayant été nettoyées avec l’alcool isopropylique.
7
Utilisez un essuie-tout ou un chiffon sec et séchez toutes les surfaces humides.
8
Jetez les essuie-tout ou les chiffons et les gants dans un récipient approuvé pour les
déchets contaminés.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
43
Décontamination
Décontamination
Maintenance
Mises à jour logicielles
Les mises à jour logicielles font partie d’une suite logicielle appelée System Suite, qui
comprend les logiciels suivants :
} Logiciel de commande NeoPrep
} Micrologiciel
} Protocoles
} BaseSpace Broker
La version actuelle de System Suite installée sur l’instrument s’affiche sur l’écran About (À
propos) du logiciel de commande.
Vous pouvez installer des mises à jour logicielles automatiquement si vous disposez d’une
connexion Internet ou manuellement à partir d’un emplacement réseau ou USB. Les mises
à jour logicielles contiennent des versions mises à jour périodiques des protocoles en
vigueur, ainsi que de nouveaux protocoles supplémentaires.
} Mises à jour automatiques : si l’instrument est connecté à un réseau doté d’un accès à
}
Internet, une icône d’alerte
s’affiche sur le bouton Manage Instrument (Gérer
l’instrument) situé sur l’écran d’accueil lorsqu’une mise à jour est disponible.
Mises à jour manuelles : si votre instrument n’est pas connecté à un réseau doté d’un
accès à Internet, vous pouvez mettre à jour manuellement les logiciels à l’aide de la
commande Software Update (Mise à jour des logiciels) située sur l’écran Manage
Instrument (Gérer l’instrument).
Mise à jour automatique des logiciels
1
Sélectionnez l’icône d’alerte
pour démarrer la mise à jour. Une boîte de dialogue
apparaît pour la confirmation de la commande.
2
Suivez les invites de l’assistant d’installation :
a
b
c
Acceptez l’accord de licence.
Lisez les notes de mise à jour.
Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle
effectuée.
REMARQUE
Un redémarrage automatique du système est nécessaire après toute mise à jour du
micrologiciel.
Mise à jour manuelle des logiciels
44
1
Téléchargez le fichier d’installation des logiciels et enregistrez-le dans un emplacement
réseau.
Vous pouvez également copier le fichier d’installation des logiciels sur une clé USB.
2
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
3
Sélectionnez Software Update (Mise à jour des logiciels).
4
Sélectionnez Manually install the update from the following location (Installer
manuellement la mise à jour à partir de l’emplacement suivant).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Sélectionnez … pour accéder à l’emplacement du fichier d’installation des logiciels,
puis sélectionnez Update (Mettre à jour).
6
Suivez les invites de l’assistant d’installation :
a
b
c
Acceptez l’accord de licence.
Lisez les notes de mise à jour.
Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle
effectuée.
REMARQUE
Un redémarrage automatique du système est nécessaire après toute mise à jour du
micrologiciel.
Gestion des protocoles
1
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2
Sélectionnez Protocol Management (Gestion des protocoles).
Les protocoles installés et leur version sont répertoriés.
La colonne Installed (Installé) contient un crochet en face de chaque protocole répertorié
sur l’écran de sélection. Les protocoles installés peuvent également être configurés de
sorte à ne pas figurer sur l’écran de sélection. Pour obtenir plus de renseignements sur
l’écran de sélection, consultez la section Spécifier des paramètres d’analyse (configuration
autonome) à la page 28.
3
Modifiez le paramètre Installed (Installé) pour désigner la disponibilité d’un protocole
sur l’écran de sélection.
} Protocole disponible : pour rendre un protocole disponible à la sélection sur l’écran
de sélection, faites glisser le bouton bascule dans la colonne Installed (Installé) vers
la droite. Un crochet s’affiche dans la colonne Installed (Installé).
REMARQUE
Les protocoles de même nom, mais avec un numéro de version différent peuvent
être disponibles simultanément.
} Protocole indisponible : pour rendre un protocole invisible sur l’écran de sélection,
faites glisser le bouton bascule dans la colonne Installed (Installé) vers la gauche.
Une croix s’affiche dans la colonne Installed (Installé). Lorsqu’un protocole n’est pas
visible sur l’écran de sélection, il ne peut pas être exécuté.
4
Sélectionnez un protocole dans la liste pour afficher le nom complet du protocole, sa
version et sa description sur le côté droit de l’écran.
5
Sélectionnez Back (Précédent) pour enregistrer les paramètres et revenir à l’écran
Manage Instrument (Gérer l’instrument).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
45
Mises à jour logicielles
5
Maintenance
Arrêter ou redémarrer l’instrument
Lors d’une utilisation normale, il n’y a aucune raison d’arrêter ou de redémarrer
l’instrument. Toutefois, s’il est nécessaire d’arrêter ou de redémarrer l’instrument, suivez
les instructions suivantes.
46
1
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2
Sélectionnez Shut Down (Arrêter).
3
Choisissez parmi les options suivantes.
} Sélectionnez Shut Down (Arrêter) pour arrêter les logiciels et mettre l’instrument
hors tension.
} Sélectionnez Restart (Redémarrer) pour arrêter et redémarrer Windows, redémarrer le
logiciel de commande et initialiser l’instrument. Cette commande est généralement
utilisée sur les recommandations d’un représentant de l’assistance technique
d’Illumina au cours d’un dépannage.
} Sélectionnez Exit to Windows (Quitter vers Windows) pour fermer le logiciel de
commande et accéder directement au système d’exploitation. Utilisez l’option Exit to
Windows (Quitter vers Windows) pour les tâches administratives. L’interface du
logiciel en mode kiosque permet une utilisation normale.
4
Si vous arrêtez l’instrument, attendez au moins 60 secondes avant de le remettre sous
tension.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Annexe A Dépannage
Introduction
Accéder aux fichiers journaux
Vérification du système
Mettre l’instrument de niveau
Configurer les paramètres du système
Résoudre les erreurs
Arrêter une analyse
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
48
49
50
52
53
56
57
47
Annexe A
Dépannage
Dépannage
Introduction
En cas de questions techniques, consultez la page dʼassistance du NeoPrep sur le site Web
d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux
téléchargements, à la formation en ligne et aux foires aux questions. Connectez-vous à
votre compte MyIllumina pour accéder aux bulletins d’assistance.
Pour la plupart des erreurs sur le NeoPrep, un message s’affiche à l’écran avec des
instructions en vue de corriger l’erreur et de terminer l’analyse. Cette section comprend
également des indications sur la procédure permettant d’accéder à des fichiers et à des
renseignements visant à simplifier le dépannage.
En cas de problème de qualité ou de performance de l’analyse, communiquez avec
l’assistance technique d’Illumina. Pour obtenir les coordonnées du service, consultez la
section Assistance technique à la page 59.
48
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Les fichiers journaux fournissent des renseignements sur chaque analyse et sur les
vérifications du système. Un représentant de l’assistance technique d’Illumina peut vous
demander des copies des fichiers journaux à des fins de dépannage. Vous ne pouvez
envoyer ni copier qu’un seul fichier journal à la fois.
1
Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Access Logs (Accéder aux journaux).
2
Sélectionnez un onglet.
} Runs (Analyses) : sélectionnez une analyse dans la liste, puis sélectionnez Details
(Détails) pour afficher les détails de l’analyse, les renseignements concernant les
consommables, les renseignements concernant les échantillons et les courbes
standard.
} System Checks (Vérifications du système) : sélectionnez une vérification du système
dans la liste, puis sélectionnez Details (Détails) pour en afficher les détails.
3
Pour envoyer le fichier journal sélectionné par courriel, sélectionnez Email (Courriel).
a
b
4
Pour enregistrer une copie du journal sélectionné dans un emplacement réseau,
sélectionnez Save (Enregistrer).
a
b
5
Saisissez l’adresse du destinataire ou sélectionnez Send to Illumina Technical
Support (Envoyer à l’assistance technique d’Illumina), puis tapez votre numéro
d’assistance sur site.
Sélectionnez Email (Courriel).
Saisissez l’emplacement réseau ou naviguez vers l’emplacement réseau.
Sélectionnez Select (Sélectionner).
Sélectionnez Back (Retour).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
49
Accéder aux fichiers journaux
Accéder aux fichiers journaux
Dépannage
Vérification du système
Une vérification du système permet de tester les éléments optiques, magnétiques, à
électromouillage et thermiques du système. Ce processus nécessite la carte de test NeoPrep
fournie dans la trousse d’accessoires de l’instrument. Une vérification du système n’est pas
nécessaire lors d’un fonctionnement normal ou pour la maintenance de l’instrument.
Toutefois, un représentant de l’assistance technique d’Illumina pourrait vous demander de
réaliser une vérification automatique du système au cours du dépannage.
Réaliser une vérification du système
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check
(Vérification du système).
2
Ouvrez la porte du compartiment de la carte de librairies.
3
Faites glisser le verrou de la carte de librairies vers la droite, puis placez la carte de test
NeoPrep sur la platine de la carte de librairies. Assurez-vous que les biseaux se
trouvent sur la gauche et que le coin avec encoche se trouve sur la droite.
REMARQUE
Utilisez le verrou de la carte de librairies et n’enclenchez pas la carte de test NeoPrep sur
la platine de la carte de librairies.
Figure 12 Carte de test NeoPrep sur la platine de la carte de librairies
4
Actionnez le verrou de la carte de librairies de sorte que les loquets maintiennent la
carte de test NeoPrep sur la platine de la carte de librairies.
5
Fermez la porte du compartiment de la carte de librairies.
6
Sélectionnez les tests à exécuter : Optical (Optique), Magnetic (Magnétique),
Electrowetting (À électromouillage) ou Thermal (Thermique).
7
Sélectionnez Run (Exécuter). La vérification du système commence, prend environ
55 minutes selon les tests sélectionnés et ne nécessite aucune intervention de la part de
l’utilisateur.
REMARQUE
Si une erreur se produit, suivez les instructions fournies par le logiciel de commande. Si
vous ne parvenez pas à résoudre l’erreur, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
50
8
Une fois la vérification terminée, une boîte de dialogue apparaît à l’écran. Elle indique
comment retirer la carte de test NeoPrep. Sélectionnez OK.
9
Pour relancer la vérification sur les tests alors sélectionnés, sélectionnez Retry
(Réessayer).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
11 Ouvrez la porte du compartiment de la carte de librairies.
12 Faites glisser le verrou de la carte de librairies vers la droite et retirez la carte de test
NeoPrep de la platine de la carte de librairies.
13 Fermez la porte du compartiment de la carte de librairies et conservez la carte de test
NeoPrep pour une utilisation ultérieure.
14 Sélectionnez Back (Retour).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
51
Vérification du système
10 Pour resélectionner les tests à exécuter, sélectionnez Select Tests (Sélectionner des tests)
et répétez les étapes 6 à 8.
Dépannage
Mettre l’instrument de niveau
Veillez à ce que le NeoPrep soit de niveau.
Effectuer une vérification du niveau de l’instrument
52
1
Sur l’écran Manage Instrument (Gérer lʼinstrument), sélectionnez Instrument Level
(Niveau de l’instrument). L’inclinaison de l’instrument apparaît. Le texte en rouge
indique que l’instrument n’est pas de niveau du côté indiqué.
2
Utilisez la clé à molette fournie ou un outil équivalent pour régler les pieds de
l’instrument afin qu’il soit de niveau (avant-arrière et gauche-droite). Pour allonger un
pied, tournez-le vers la droite lorsque vous observez l’appareil du dessus. Assurezvous que la paillasse de laboratoire est de niveau.
3
Sélectionnez Back (Retour).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
La configuration du système a lieu lors de l’installation. Toutefois, si un changement est
nécessaire ou si le système doit être reconfiguré, utilisez les options de configuration du
système.
} Network Configuration (Configuration réseau) : fournit des options de configuration
des paramètres de l’adresse IP, de l’adresse du serveur de noms de domaine (DNS), du
nom de l’ordinateur et du nom de domaine.
} BaseSpace Configuration (Configuration BaseSpace) : fournit des options relatives aux
méthodes d’analyse, notamment BaseSpace, BaseSpace Onsite, le mode autonome et le
suivi de l’analyse sur BaseSpace, ainsi que des paramètres pour la connexion par
défaut à BaseSpace et pour la création de rapports sur l’état de l’instrument.
Définir la configuration réseau
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2
Sélectionnez Network Configuration (Configuration réseau).
Configuration IP et DNS
1
Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une
adresse IP) pour récupérer l’adresse IP depuis un serveur DHCP.
REMARQUE
Dynamic Host Configuration Protocol (DHCP) est un protocole réseau standard utilisé
sur les réseaux IP pour distribuer de manière dynamique les paramètres de
configuration réseau.
Vous pouvez également sélectionner Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP
suivante) pour connecter manuellement l’instrument à un autre serveur, en procédant
comme suit. Communiquez avec votre administrateur réseau pour obtenir les adresses
propres à votre installation.
} Saisissez l’adresse IP. L’adresse IP est une série de quatre nombres séparés par des
points, par exemple 168.62.20.37.
} Saisissez le masque de sous-réseau, qui est une subdivision du réseau IP.
} Saisissez l’adresse de la passerelle par défaut, c’est-à-dire le routeur du réseau qui se
connecte à Internet.
2
Sélectionnez Obtain DNS server address automatically (Obtenir automatiquement une
adresse DNS) pour connecter l’instrument au serveur de noms de domaine associé à
l’adresse IP.
Vous pouvez également sélectionner Use the following DNS addresses (Utiliser les
adresses DNS suivantes) pour connecter manuellement l’instrument au serveur de
noms de domaine, en procédant comme suit.
} Saisissez les adresses DNS à privilégier. L’adresse DNS est le nom du serveur utilisé
pour traduire les noms de domaine en adresses IP.
} Saisissez l’adresse DNS secondaire. L’adresse secondaire est utilisée si l’adresse DNS
à privilégier ne peut pas traduire un nom de domaine particulier en adresse IP.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
53
Configurer les paramètres du système
Configurer les paramètres du système
Dépannage
3
Sélectionnez Next (Suivant) pour enregistrer les paramètres et passer à l’écran suivant.
REMARQUE
Le nom de l’ordinateur de l’instrument est le nom attribué à l’ordinateur de l’instrument
au moment de sa fabrication. Toute modification du nom de l’ordinateur peut nuire à la
connectivité et nécessiter l’intervention d’un administrateur réseau.
Configurer le nom et le domaine ou le groupe de travail de l’ordinateur
1
La valeur indiquée dans Computer Name (Nom de l’ordinateur) est le nom attribué à
l’ordinateur de l’instrument au moment de sa fabrication.
Il n’est généralement pas nécessaire de modifier le nom de l’ordinateur. Toute
modification du nom de l’ordinateur effectuée à cet écran peut nuire à la connectivité et
nécessiter le nom d’utilisateur et le mot de passe d’un administrateur réseau.
2
Connectez l’ordinateur de l’instrument à un domaine ou à un groupe de travail en
procédant comme suit.
} Pour les instruments connectés à Internet : sélectionnez Domain (Domaine), puis
saisissez le nom de domaine associé à la connexion Internet de votre établissement.
Tout changement de domaine nécessite le nom d’utilisateur et le mot de passe d’un
administrateur.
} Pour les instruments non connectés à Internet : sélectionnez Workgroup (Groupe de
travail), puis saisissez le nom d’un groupe de travail. Le nom du groupe de travail
est propre à votre établissement.
3
Sélectionnez Next (Suivant) pour enregistrer les paramètres et passer à l’écran suivant.
Configurer la communication des messages
1
Dans le champ SMTP Server (Serveur SMTP), saisissez le nom du serveur de courriel.
2
Dans le champ Port, saisissez le numéro du port SMTP (protocole simple de transfert
de courriel). La valeur par défaut est 587.
3
Décochez la case Use SSL (Utiliser SSL) pour ne pas utiliser la technologie de sécurité
standard pour le chiffrement.
4
Dans le champ User Account (Compte utilisateur), saisissez le nom d’utilisateur
correspondant au compte de messagerie.
5
Dans le champ Password (Mot de passe), saisissez le mot de passe correspondant au
compte de messagerie.
6
Sélectionnez Finish (Terminer) pour enregistrer les paramètres et revenir à l’écran
System Configuration (Configuration du système).
REMARQUE
Toute modification apportée au nom de l’ordinateur, au domaine ou au groupe de travail
nécessite un redémarrage du système. Le logiciel vous invite à confirmer un redémarrage du
système. Sélectionnez Continue (Continuer) pour continuer.
Définir une configuration BaseSpace
54
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2
Sélectionnez BaseSpace Configuration (Configuration BaseSpace).
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Choisissez parmi les options suivantes le système qui servira d’interface : BaseSpace,
BaseSpace Onsite ou le mode autonome.
} Sélectionnez BaseSpace pour envoyer les données à IlluminaBaseSpace. [Facultatif]
Sélectionnez ... et naviguez vers un emplacement réseau secondaire Output Folder
(Dossier de sortie) pour y enregistrer une copie des données en plus de l’envoi
à BaseSpace.
} Sélectionnez BaseSpaceOnsite. Dans le champ Api Url (URL Api), saisissez la
totalité du chemin vers votre serveur BaseSpace Onsite. [Facultatif] Sélectionnez ... et
naviguez vers un emplacement réseau secondaire Output Folder (Dossier de sortie)
pour y enregistrer une copie des données en plus de l’envoi au serveur
BaseSpace Onsite.
} Sélectionnez Standalone instrument (Instrument autonome) pour enregistrer les
données à un emplacement situé sur le réseau. Sélectionnez ... et naviguez vers
l’emplacement réseau Output Folder (Dossier de sortie) de votre choix. Le logiciel de
commande génère automatiquement le nom du dossier de sortie.
ATTENTION
N’indiquez pas un dossier de sortie figurant sur l’ordinateur de l’instrument. Illumina
recommande d’utiliser uniquement un emplacement réseau. La capacité du disque dur
de l’instrument est suffisante pour plusieurs analyses, mais un disque plein peut
empêcher des analyses ultérieures.
4
Sélectionnez Next (Suivant) pour passer à l’écran suivant.
5
Si vous avez sélectionné BaseSpace ou BaseSpace Onsite, définissez les paramètres
BaseSpace comme suit.
} Saisissez un nom d’utilisateur et un mot de passe BaseSpace pour enregistrer
l’instrument sur BaseSpace.
} Sélectionnez Use default login and bypass the BaseSpace login screen (Utiliser la
connexion par défaut et ignorer l’écran de connexion BaseSpace) pour définir le nom
d’utilisateur et le mot de passe enregistrés en tant qu’identifiants par défaut. Ce
paramètre contourne l’écran BaseSpace pendant la configuration de l’analyse.
6
Si vous avez sélectionné BaseSpace, sélectionnez Send instrument health information
to Illumina Technical Support (Envoyer les renseignements sur l’état de l’instrument à
l’assistance technique d’Illumina) pour envoyer les fichiers journaux à Illumina. Cette
option n’existe pas sur BaseSpace Onsite.
7
Sélectionnez Finish (Terminer).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
55
Configurer les paramètres du système
3
Dépannage
Résoudre les erreurs
Si des erreurs de vérification avant analyse se produisent, utilisez les recommandations
d’actions suivantes pour résoudre l’erreur ou suivez les instructions fournies par le logiciel
de commande. Si vous ne parvenez pas à résoudre l’erreur, communiquez avec
l’assistance technique d’Illumina.
56
Vérification
avant
analyse
Action recommandée
Porte
fermée
Assurez-vous que la porte du compartiment de la carte de librairies est
fermée.
Vérification
de la carte
de librairies
Les capteurs de la carte de librairies n’enregistrent rien. Assurez-vous que la
carte de librairies est correctement chargée sur la platine.
Logiciel
requis
Des composants critiques du logiciel sont manquants.
Effectuez une mise à jour manuelle pour restaurer tous les composants du
logiciel.
Espace
disque de
l’instrument
Le disque dur de l’instrument n’a pas assez d’espace disponible pour
réaliser l’analyse. Il est possible que les données provenant d’une analyse
précédente n’aient pas été transférées.
Effacez toutes les données d’analyse du disque dur de l’instrument.
Connexion
réseau
La connexion réseau a été interrompue. Confirmez l’état du réseau et
vérifiez la connexion au réseau physique.
Espace
disque
réseau
Le serveur réseau est saturé.
Sauvegardez et supprimez les fichiers inutiles.
Erreur
d’inclinaison
Utilisez la clé à molette fournie ou un outil équivalent pour régler les pieds
de l’instrument afin qu’il soit de niveau (avant-arrière et gauche-droite).
Pour allonger un pied, tournez-le vers la droite lorsque vous observez
l’appareil du dessus. Assurez-vous également que la paillasse de laboratoire
est de niveau. Consultez la section Mettre l’instrument de niveau à la page
52.
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Le NeoPrep est conçu pour effectuer une analyse du début à la fin sans l’intervention de
l’utilisateur. Toutefois, il est possible d’arrêter une analyse à partir de l’écran Prepare
Libraries (Préparer des librairies). Vous pouvez arrêter une analyse si sa configuration est
incorrecte ou en cas d’erreur matérielle.
Vous pouvez arrêter une analyse avant sa fin en utilisant le bouton Stop (Arrêter) sur
l’écran Prepare Libraries (Préparer des librairies). Une boîte de dialogue apparaît pour la
confirmation de l’arrêt. L’arrêt d’une analyse est définitif. Une analyse arrêtée ne peut pas
être reprise. Le NeoPrep déplace la carte de librairies du module intégré de préparation des
librairies vers le compartiment de la carte de librairies. Les réactifs et échantillons chargés
dans la carte de librairies ne sont pas récupérables.
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
57
Arrêter une analyse
Arrêter une analyse
58
Support nº 20000941
Document nº 15049720 v01 FRA
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
Tableau 1 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Courriel
techsupport@illumina.com
Tableau 2 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Numéro de la
Région
personne-ressource
Amérique du Nord
1.800.809.4566
Irlande
Allemagne
0800.180.8994
Italie
Australie
1.800.775.688
Norvège
Autriche
0800.296575
Nouvelle Zélande
Belgique
0800.81102
Pays-Bas
Danemark
80882346
Royaume-Uni
Espagne
900.812168
Suède
Finlande
0800.918363
Suisse
France
0800.911850
Autres pays
Numéro de la
personne-ressource
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Les fiches techniques (SDS)—À votre disposition sur le site Web d’Illumina à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
De la documentation produit au format PDF—À votre disposition par téléchargement
sur le site Web d’ Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un
produit, puis sélectionnez Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide du système de préparation de librairies NeoPrep
59
Assistance technique
Assistance technique
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord)
techsupport@illumina.com
www.illumina.com
">